log4php.properties の内容が旧フォーマットになっている可能性があります。
一度、mdl_sbivt3g/tgMdkPHP/tgMdk配下のlog4php.propertiesを削除し、 再度店舗別設定を実施(*1)してください。
※この現象はご利用されている決済モジュールをVer.1.2.5 以前のバージョンからVer.1.3.0以降のバージョンに入れ替えた際に発生します。

　(*1) http://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=226　で公開しているマニュアルの
　 「決済モジュールの再設定」をご確認ください。
　また、上記マニュアルの「B. 決済モジュールのバージョンアップ時の注意点等」についても併せてご確認
　ください。

上記の手順で改善されない場合は、log4php.propertiesを添えて、テクニカルサポート（tech-support@veritrans.jp）へお問合せください。